Fakultas Ekonomi didirikan berdasarkan Surat Keputusan Keputusan Menteri Urusan Veteran Rl Nomor: 157/KPTS/1959 yang dikeluarkan pada tanggal 26 Oktober 1959, di mana Akademi Pembangunan Nasional (APN) “Veteran" menambah satu jurusan lagi yaitu Jurusan Pimpinan Perusahaan. Kuliah perdana dari jurusan ini berkenaan pada tanggal 26 November 1959.
Pada tanggal 30 Juli 1965 berdasarkan Keputusan Menteri Urusan Veteran dan Demobilisasi, Menteri Perguruan Tinggi dan llmu Pengetahuan nomor: 140/KPTS/1965, APN "Veteran" sebagai Perguruan Tinggi Kedinasan (PTK) mengalami perubahan nama menjadi Perguruan Tinggi Pembangunan Nasional (PTPN) "Veteran" Yogyakarta dan Jurusan Pimpinan Perusahaan juga diubah menjadi Fakultas Ekonomi Jurusan Manajemen Perusahaan.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertahanan Keamanan Rl Nomor: 1555/XI/1977 yang dikeluarkan pada tanggal 30 November 1977, PTPN Yogyakarta diubah menjadi Universitas Pembangunan Nasional (UPN) 'Veteran" Yogyakarta. Pada saat itu Fakultas Ekonomi masih tetap dengan satu jurusan yaitu Jurusan Manajemen Perusahaan.
Pada tanggal 27 Februari 1993, berdasarkan Keputusan Menteri Pertahanan Rl Nomor: Kep/01/ll/1993, Fakultas Ekonomi disamping menyelenggarakan Jurusan Manajemen juga membuka dua jurusan baru yaitu Jurusan Ilmu Ekonomi dan Jurusan Akuntansi. Kegiatan akademik kedua jurusan dimulai pada tanggal 6 September 1993.
Lalu, berdasarkan berdasarkan keputusan bersama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dan Menteri Pertahanan Keamanan nomor: 0307/0/1994/ Kep/10/XI/1994 yang efektif mulai tanggal 1 April 1995, UPN 'Veteran" Yogyakarta beserta seluruh fakultas dan jurusan beralih status dari PTPN menjadi Perguruan Tinggi Swasta (PTS),
Kemudian setelah melalui serangkaian proses evaluasi dan akreditasi dan evaluasi, pada tanggal 6 Oktober 2014, UPN "Veteran" Yogyakarta dianggap mampu dan mumpuni untuk menyandang gelar Perguruan Tinggi National (PTN).